Blair torna dall'Europa con un nuovo ragazzo di nome Marcus Beaton, scatenando la gelosia di Chuck. La coppia si lascia poco dopo quando, grazie a Vanessa, Blair scopre che Marcus va a letto con la matrigna. Con l'inizio dell'ultimo anno scolastico, mentre Blair e Chuck cercano di dirsi "ti amo", Jenny comincia a saltare la scuola per lavorare alla Waldorf Design, di proprietà della madre di Blair, Eleanor, nota stilista. Nate e Dan diventano amici e, quando quest'ultimo scopre che Nate vive accampato in casa dopo il pignoramento dei beni avvenuto in seguito alla fuga del padre, gli offre di stare un po' al loft degli Humphrey. Nate comincia presto una relazione con Jenny, che intanto decide di dedicarsi completamente alla moda e studiare da privatista; la ragazza conosce inoltre la modella Agnes, che la spinge a licenziarsi per creare insieme un proprio marchio. L'iniziativa incontra l'opposizione di Rufus, e Jenny, avendo bisogno dell'approvazione dei genitori perché è ancora minorenne, decide di chiedere l'emancipazione legale, ma alla fine rinuncia. Nel frattempo, mentre Serena comincia a vedere Aaron e il padre di Nate, tornato in città, viene arrestato grazie al figlio, Lily scopre che Bart ha fatto delle indagini su di lei e sui figli e decide di lasciarlo per tornare con Rufus. Il marito muore però in un incidente stradale e Chuck accusa la matrigna di esserne la causa. Blair cerca di stargli vicino e, il giorno del matrimonio di sua madre con Cyrus Rose, gli dice di amarlo, ma il ragazzo si allontana, sparendo dalla circolazione. Parallelamente, Rufus, scoperto che diciannove anni prima Lily aspettava un figlio da lui, parte con la donna per ritrovarlo, ma i genitori adottivi mentono loro dicendo che è morto. All'inizio dell'anno nuovo, Chuck torna a New York con lo zio Jack Bass per la lettura del testamento del padre, nel quale Bart lascia le industrie Bass nelle mani del figlio. Jack, non soddisfatto, sabota il nipote, ma viene infine cacciato in Australia quando Lily, adottando Chuck, diventa sua tutrice al posto di Jack. Lasciato nuovamente Dan a causa delle loro differenze, Serena comincia una relazione con Gabriel, che coinvolge amici e parenti della ragazza in una truffa organizzata dalla ex Poppy Lifton: l'intervento di Georgina, tornata in città, risolve la situazione. Poco tempo dopo, Gossip Girl rovina la cerimonia del diploma e Serena, meditando vendetta, cerca di scoprire la sua identità, finendo per far arrabbiare la blogger, che rivela i segreti fino a quel momento tenuti nascosti. La settimana seguente, mentre Blair sceglie Jenny come regina che la sostituirà l'anno successivo e Lily accetta di sposare Rufus, Chuck dice a Blair di amarla e i due tornano insieme.
