为拯救失去联络的麻御小姐，萤汰等人与Mode Warp派遣的特殊战斗队员一起前往北海道，但在高空中特殊部队运输机却遭到大量飞虫组成的“龙”袭击坠毁，萤汰乘坐的运输机虽然在觉醒人1号的活跃下避免被击坠，失去驾驶员的运输机在翔的控制下勉强降落到地上。种种可怕的事件让火乃纪变得自暴自弃，而且Neuronoid也无法与拥有惊人战斗能力的虫子相抗衡，找回自我的麻御小姐看到眼前见到的影像了解到事情正如自己所想的那样——梅崎博士的思想发生了变化——制造出大量UMA怪物，他自身也在用虫子控制着周围的人类，而大量虫子融合成3种怪物向火乃纪等人袭来。吃下最后仅存的Nebulaの实的拉米亚变身为涅普拉出现在地面上与虫子们交战，麻御小姐在被虫子们控制前被翔救下。然而虫子却与涅普拉战斗得不相上下，被虫子打飞掉进研究所的萤汰见到的是数十只在阿加高石窟见到的怪物——贝希摩特的幼体......
