У другому сезоні «Під куполом» жителі Честерс-Мілл щодня стикаються з новими лихами. Член міської ради, де-факто диктатор минулого сезону, намагається зберегти місто під своїм контролем і при цьому зберегти довіру людей, коли хтось не підкоряється його владі, маючи кращі альтернативи для виживання. У місті таємничим чином з’являється нова дівчина, і її минуле містить основні ключі до походження Купола. Таємниче яйце, яке вважається джерелом енергії Купола, все ще десь у місті, і воно поступово дає нові відповіді, тому його потрібно захистити. Хтось знайшов вихід із Куполу, і його доставляють до Зеніту, іншого міста неподалік від Честерс-Мілл, де він дізнається, що приватна компанія досліджувала Купол, але, можливо, з підлими мотивами. Оскільки жителі міста стикаються з найвищою загрозою своєму життю, вони повинні вирішити, чи слідувати маршрутом із Куполу, не знаючи точно, що їх чекає на вулиці, якщо вони це зроблять.
