ในซีซั่น 3 ฮานนาพยายามโค่นยูแทรกซ์ องค์กรชั่วร้ายที่สร้างเธอขึ้นมา ด้วยความช่วยเหลือจากมาริสซา อดีตเจ้าหน้าที่ซีไอเอที่ตกอับ เรื่องราวเกิดขึ้นซับซ้อนทั่วยุโรปและนำไปสู่จุดสูงสุดของเรื่อง เมื่อฮานนาและมาริสซาค้นพบขอบเขตของปฏิบัติการน่าสยองขวัญที่แท้จริง และพบตัวการที่อยู่เบื้องหลังเรื่องทั้งหมด
