พวกโคนันไปเที่ยวที่พิพิธภัณฑ์ฟอสซิลของหมู่บ้านโอนิโนะฮะ หลังหมู่บ้านแห่งนี้มีข่าวลือเรื่องมูลที่ตกจากดวงจันทร์ ระหว่างที่ไปทำกิจกรรมขุดฟอสซิล จู่ ๆ ผู้ดูแลพิพิธภัณฑ์ก็ถูกพบเป็นศพ เพราะได้รับพิษจากสารโพแทสเซียมไซยาไนด์ แต่ทว่าตำรวจกลับไม่พบร่องรอยหรือเบาะแสว่าเขาไปสัมผัสสารนี้แม้แต่รอยเดียว
