Num futuro próximo, a organização Garra de Pantera 'Panther Claw' destrói o Governo Metropolitano de Tóquio. O governo da capital é forçado a mudar-se para a província. Durante este período, Honey Kisaragi transferiu-se para a Academia Santa Capela como parte de um curso especial. Este curso especial é o projeto “Nova Geração Honey”, onde os alunos, incluindo Honey, se tornam Cutie Honey.
