M3 opowiada o ośmiu chłopcach i dziewczynach w scenerii Tokio w niedalekiej przyszłości, gdy pojawia się dziwna ciemność, która pożera ludzkie dusze. Pojawiają się też dziwne istoty zrodzone z ludzkiej desperacji i chaosu. Do strefy Avidya, jak zostaje nazwana ciemność, wyrusza ekspedycja.
