La Fortezza delle Scienze subisce un attacco frontale da parte dell'Isola Vulcanica della Marchesa Yanus che riesce a isolare le comunicazioni della base grazie ad una particolare nebbia antiradar; contemporaneamente un mostro guerriero, affiancato da Mikenes, affronta il Grande Mazinga uscito a difesa della base. Il combattimento si sposta sul fondo del mare e dopo una dura lotta, Tetsuya riesce a prevalere. Nel frattempo un secondo mostro attacca la base, contrastato da Boss Robot e Venus, che però poco o nulla possono contro il loro avversario. Mazinga riesce a tornare alla base per contrastare il nemico, ma, nonostante la sconfitta di ques'ultimo, Tetsuya sviene e Mikenes assedia la fortezza di Kabuto. Quando tutto sembra perduto il professore estrae un asso dalla manica: il Siluro Spaziale Atomico, sparato dal cilindro di lancio del Grande Mazinga che danneggia seriamente Mikenes e obbliga i nemici alla ritirata.
