La stagione 3 segue i tentativi i di Hanna di distruggere la Utrax, la sinistra organizzazione che l'ha creata, con l'aiuto della tormentata ex agente della CIA Marissa Wiegler. La storia attraversa l'Europa e raggiunge un drammatico climax, quando Hanna e Marissa scoprono la vera, spaventosa portata dell'operazione, e chi ne sia il vero responsabile.
