All'accademia arrivano dei nuovi studenti tra cui: Adrian Gecko, Jim Crocodile Cook, Jesse Andersen, Axel Brodie, il professore Thelonius Viper e infine una vecchia conoscenza, la giovane Blair Flannigan. Inizia così il duello tra Jaden Yuki e Jesse, ovvero un duello tra i mostri Neo-Spaziali e le Bestie Cristallo.
