A második szezon négy hónappal később veszi fel az első évad végén elejtett szálakat. Új hősöket ismerhetünk meg, köztük a hányattatott sorsú dél-amerikai testvérpárt, Alejandrót és Mayát. Van olyan hős, akitől el kell búcsúznunk, ám akad olyan is, akiről csak azt hisszük. Hiro még mindig a múltban keresi a kiutat, s megpróbálja megmenteni Takezo Kensei-t, de rájön, hogy ő nem az, akinek hitte. Maya és Alejandro a rendőrség elől menekülnek és az Egyesült Államok felé tartanak. A Bennet család eközben inkognitóban új életet kezd Kaliforniában. Matt nyomozóvá válik, ám Molly továbbra is rémálmokkal küzd. Mohinder pedig beépül a Társaságba.
