Tokyo a vécu il y a 10 ans un grand tremblement de terre où 70% de la ville a été submergée par les eaux, Ganta Iragashi un collégien de 14 ans est un survivant de la catastrophe mais ne s’en souvient pas. Un jour,en cours, un mystérieux homme en rouge arrive par la fenêtre et décime toute sa classe, le laissant comme seul survivant.A son réveil à l’hôpital, il est accusé et condamné à mort. Il se retrouve donc à la prison privée de « Deadman Wonderland », un lieu inquiétant où les règles sont peu communes, il rencontre là-bas Shiro, une mystérieuse fille qui soi disant le connait et découvre aussi qu’il possède un étrange pouvoir depuis le massacre de ses amis.
