In der zweiten Staffel geht es um die Mission des Navy SEAL Team Six, das Terrornetzwerk zu zerstören, das für die Erschießung ihres ehemaligen Teamleiters Richard „Rip“ Taggart verantwortlich ist. Unter der Führung von Joe „Bear“ Graves werden sich die Navy SEALS mit der gerissenen und hartnäckigen CIA-Offizierin Gina Cline zusammentun, um Osteuropa zu durchkämmen, feindliches Gebiet und terroristische Brennpunkte wie Tschetschenien zu infiltrieren, während sie den Drahtzieher hinter Michaels dschihadistischem Netzwerk aufspüren.
